Timberlake soutient son album avec la tournée Justified/Stripped Tour au côté de Christina Aguilera pendant l'été 2003. Lors de quelques dates, Les Black Eyed Peas feront l'ouverture du show; Timberlake apparaît, non crédité, sur le percutant hit "Where Is The Love?", également lors de l'été 2003. Sa société de production ne souhaitant pas créditer Timberlake au hit, de peur de perturber la mise au point des futures chansons de Timberlake, même si ce dernier apparait souvent aux côtés des Black Eyed Peas lors des performances live, dont les MTV Europe Music Awards 2003. En fin d'année, Timberlake enregistre une chanson intitulée "I'm Lovin' It". Elle sera utilisée par la société McDonald's pour leur thème de campagne publicitaire. Le deal entre McDonald's et le chanteur est estimé à 6 millions de dollars.
En février 2004, pendant la mi-temps du 38e Super Bowl, diffusé sur la chaîne américaine CBS, Timberlake fait le show en direct au côté de Janet Jackson sur sa chanson "Rock Your Body" devant plus de 140 millions de téléspectateurs. À la fin du live, Timberlake déchire une partie du costume en cuir de Janet Jackson, alors qu'il chantait au même moment "gonna have you naked by the end of this song" (tu seras nue à la fin de la chanson). Une partie du costume est donc décroché, et le sein de Janet est temporairement dévoilé. Par la suite, Timberlake s'excusera de cette "incident de costume" ("wardrobe malfunction") en disant qu'il était "désolé pour toutes les personnes qui ont été offensées par cet incident lors de la mi-temps du Super Bowl. Ce n'était pas mon intention et je le regrette". Quelques jours plus tard, Timberlake, en direct de Los Angeles sur le plateau de KCBS-TV, avoue que même sa propre famille fut offensée par l'évènement. La phrase "wardrobe malfunction" est depuis utilisée dans les médias en référence à un incident, et est entré dans la culture populaire.
Après cette controverse, Justin Timberlake et Janet Jackson seront bannis des Grammy Awards 2004, à moins que ces derniers présentent leurs excuses sur scène lors de l'évènement. Jackson, qui avait déjà fait des excuses publiques déclinera cette solution. Timberlake était donc accompagné d'une lettre d'excuse lorsqu'il reçut l'un de ses deux grammy awards de la soirée (Meilleur album pop: Justified, et meilleur musique pop : Cry Me A River). Au cours de la soirée, Timberlake était également nominé pour l'album de l'année pour Justified, de la musique de l'année pour Cry Me A River et de la meilleur collaboration rap pour Where Is The Love? avec The Black Eyed Peas.